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林默正要寻找开门的办法，门却突然自动打开了。一个全息投影出现在他们面前，正是博士。
“欢迎来到方舟，“博士微笑着说，“我一直在等你，林默。“
林默警惕地看着四周：“你在哪里？“
“就在你面前，“博士的全息影像说，“不过不是实体。我的意识已经上传到了方舟的主机中，成为了这里的主宰。“
林默心里一惊。这意味着博士已经完成了某种形式的永生。
“为什么要这么做？“林默问道。
“为了进化，“博士的声音充满狂热，“人类已经走到了尽头，只有通过基因改造，才能迈向新的纪元。而你，林默，你是最完美的实验体。“
突然，林默感觉一阵眩晕。他这才发现，空气中弥漫着一种无色无味的气体。
“小心！“林默大喊，但已经晚了。除了他之外，其他人都倒在了地上。
“别担心，“博士说，“这只是麻醉气体。我需要他们作为新的实验体。“
林默强忍着眩晕感，快速思考着对策。他知道，自己必须尽快找到博士的主机，才能阻止这一切。
“系统，“林默在脑海中呼唤，“有什么办法吗？“
“检测到特殊力场，建议兑换'力场干扰器'，需要2000积分。“
林默咬咬牙：“兑换！“
“叮！兑换成功，力场已解除。“
林默立刻发动时间减缓技能，快速向方舟深处冲去。一路上，他遇到了各种高科技防御系统，但在他的能力面前都不堪一击。
终于，他来到了方舟的核心控制室。一个巨大的主机占据了整个房间，无数数据流在全息屏幕上闪烁。
“你来了，“博士的声音从主机中传出，“但已经太晚了。方舟计划已经启动，新的病毒正在扩散。很快，整个世界都将迎来'净化'。“
林默没有理会他，而是快速在控制台上操作起来。在他的动态视觉下，他能看清每一个数据的流动。
“没用的，“博士冷笑道，“没有我的密码，你根本无法......“
话没说完，林默已经输入了一串复杂的代码。那是他在实验室里无意中看到的，没想到真的派上了用场。
“警告！系统正在关闭！“
博士的声音变得扭曲：“不！你怎么会......“
林默没有给他机会，直接拔掉了主机的电源。整个方舟瞬间陷入黑暗，只有应急灯发出微弱的光芒。
林默长出一口气，这才感觉到全身的疼痛。透支使用异能的后遗症开始显现，他几乎站不稳了。
就在这时，系统的声音响起：“叮！完成隐藏任务，获得奖励：'基因优化'。“
一股暖流突然流遍全身，林默感觉所有的疲惫都消失了。不仅如此，他的各项能力似乎都得到了提升。
“警告！检测到病毒泄露！“
林默这才想起博士说的新型病毒。他快速在控制台上操作，启动了方舟的自毁程序。
“所有人，立刻撤离！“林默对着通讯器大喊。
他背起昏迷的小艾，带着其他人快速向外跑去。身后，方舟开始崩塌，巨大的爆炸声不断传来。
终于，他们冲出了地铁站。身后，整个地面都在塌陷，形成了一个巨大的坑洞。
林默瘫坐在地上，看着远处的天空。朝阳正在升起，新的一天开始了。
但林默知道，这场战斗还远未结束。博士虽然被消灭了，但他留下的影响还在。而且，这个世界上，可能还有其他的“方舟“......
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