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同年末，凉州发生北宫伯玉、李文侯等人叛乱。新任凉州刺史左昌趁着征兵时截取军费数千万中饱私囊，盖勋坚持劝阻。
左昌不高兴，于是派盖勋率军驻守汉阳郡阿阳县，正面对叛军锋芒。
左昌原以为盖勋必定败仗，即便不战死，待其返回后也可以用军法处死，不料，盖勋多次作战并成功守住阿阳县。
叛军见阿阳县无法攻破，便转向攻打金城郡，斩杀金城郡太守陈懿，胁迫边章、韩遂入伙，共推举边章为首领。
在此期间，盖勋请求左昌派兵救援金城郡，左昌不肯。
边章率军包围凉州汉阳郡冀县（郡治及州治所在），左昌无计脱身，惊恐失措，便派人向盖勋求援。
而汉阳郡从事辛曾、孔常疑虑而不敢听从，盖勋怒道：“以前庄贾失期，司马穰苴就将其斩首，今天你们两个小小从事，难道还比古代的监军地位高？”
辛曾、孔常这才同意出兵。
盖勋率援军抵达冀县，斥责边章等人背叛朝廷。
边章、韩遂都说：“左昌当初要是早听您的话，派兵来救援金城郡，或许我们还能改过自新，如今罪孽深重，不能再投降了。
”于是，边章等人哭泣而去，解除对冀县城包围。
左昌因为贪污的事被免职，朝廷派宋枭接任凉州刺史。
宋枭到任后，对盖勋说：“据我所知，凉州人很少学习儒学经典，所以总是发动叛乱，如今我想让凉州人每家每户都来抄写《孝经》，或许这样可以让大家懂得道义之理。”
盖勋劝阻道：“当初齐国崔杼弑君；鲁国庆父篡位，此二国难道没有读书人吗？现在不急于筹划消除灾难的方法，而去做一些非常之事，已经足够让凉州人怨恨，又会让朝廷取笑，我实在无法理解！”
宋枭不听，盖勋便上书朝廷，报告此事，果然不久，朝廷下发诏书责问宋枭，以平叛不力将其免职。以杨雍接任凉州刺史。
护羌校尉夏育被羌族叛军包围在右扶风畜官，杨雍派盖勋率官兵前往救援，盖勋率军行至狐盘，便被羌族叛军击败，盖勋集合剩余的百余人，摆成鱼丽之阵做最后的抗争。
羌人精骑发动冲锋，官兵死伤惨重，盖勋也身负三处创伤，仍然岿然不动，指着身旁的一棵树对身边的士兵说：“我若战死，就将我埋葬在此树下！”
句就种部落羌人首领滇吾素来被盖勋所厚待，他在前面用兵器拦住羌人士兵说：“盖长史是贤人，你们若杀了他会遭天谴！”
盖勋却仰头大骂：”死反贼！你知道什么！快来杀我！“
众人大惊失色，滇吾亲自下马让马给盖勋，盖勋拒绝，众人才将其绑起来。
羌人都敬佩盖勋的忠义勇敢，不敢加害于他，派人将其送回汉阳郡。
杨雍表奏盖勋为汉阳郡太守。
中平二年（公元185年），凉州发生饥荒，盖勋带头拿出家中存粮，救济百姓，存活千余人。
中平三年（186年），凉州刺史杨雍免职，朝廷派耿鄙接任凉州刺史。
耿鄙上任后，虽然积极征调六郡士兵备战，但任人唯亲，专信治中从事程球。
而程球自私贪婪，凉州的士人们都讨厌他。盖勋认为耿鄙必败，便弃官回家。
由范津接任汉阳郡太守，同年，议郎傅燮与车骑将军赵忠结怨，被调离雒阳，接任汉阳郡太守。
