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随后的几天，罗马人在城内遭到埃及民众嘲讽和辱骂，甚至有落单的士兵遭到暴徒的攻击和杀害。
凯撒为此感到愤怒，他认为是托勒密十三世在暗中挑唆，于是宣布要追缴托勒密十二世曾经对罗马所欠下的巨款。
他同时还宣布：既然是他和庞培帮助托勒密十二世获得了罗马共和国的承认，那么他现在要仲裁埃及的王位继承纠纷。
凯撒打着如意算盘：既可以获得大笔钱财，来养活成千上万向他投降的庞培士兵；又可以敲打托勒密十三世，使其臣服，从而将富庶的埃及纳入他的掌控之中。
担任托勒密十三世辅政大臣的宦官波提纽斯没有公开表示反对，却在暗地里传唤同样是顾命大臣的阿基拉斯率军入城。
阿基拉斯率领的军队足有二万人，很快就将凯撒围困在宫殿内。
尽管凯撒带领士兵们多次打退阿基拉斯的进攻，但敌视他们的城内民众也在蠢蠢欲动，凯撒已经派信使去召唤援军，但援军要过一段时间才能到达，现在他及其手下都处于非常危险的境地，随时可能兵败身死。
就在这个时候，托勒密十三世的姐姐、曾经与其共治埃及、后被顾命大臣们驱逐的克里奥帕特拉潜入了宫殿，出现在凯撒的面前。
克利奥帕特拉已经了解清楚凯撒是个风流多情的人，因此特地精心打扮了一番。
克里奥帕特拉虽然长得并不十分美艳（她有一个过于突出的鹰钩鼻），但她聪慧、年轻、机智、活泼，在凯撒的眼中很有魅力，就如同年轻时的塞维莉亚一样，很快就被其吸引，将其纳为情人。
然后，他就向托勒密十三世宣布：其父亲的遗嘱很明确，他应该和他的姐姐克利奥帕特拉共同执政。
托勒密十三世意识到他的姐姐和凯撒已经勾结在了一起，狠下心来，煽动城内民众发起暴乱，甚至企图派人刺杀凯撒。
凯撒以牙还牙，抓捕了托勒密十三世的辅政大臣、阴谋的执行者波提纽斯，并将其处决，以震慑这位年轻的法老。
在凯撒控制下的托勒密十三世感到生命受到威胁，暗中唆使城外埃及军队加紧进攻。
在屡次攻打凯撒军队守卫的宫殿都遭遇失败的情况下，埃及军队转而想要夺取被罗马人占据的港口，从而彻底的切断凯撒与外界的联系。
在海战中凯撒的战船都占据了上风，但是在他亲自发起的一场攻占法罗斯岛（法罗斯灯塔所在地）的陆战中却遭遇了惨败。
在危机时刻，凯撒跳入海中得以逃生，但这并不影响他的斗志，他继续率军多次击退敌人的进攻。
战斗持续到第二年的一月（公元前四七年，尼克斯部落建立第二十五年）亚历山大港民众派了一个代表团，恳求凯撒将托勒密十三世释放。
凯撒同意了，但督促年轻法老要尽快停止战争，同时要牢记对凯撒和罗马应有的忠诚。
年轻法老流着热泪，点头答应。
但当他离开罗马人控制的区域、与如今统率埃及军队的妹妹阿尔西诺伊汇合之后，他开始煽动埃及军队要努力消灭罗马入侵者。
凯撒早有防备，埃及军队的进攻没有取得任何进展。
相反，凯撒期盼的援军已经陆续到来，他很快发起反击，将埃及军队打得大败，托勒密十三世溺水而亡，阿尔西诺伊则被俘虏，埃及落入凯撒的掌控之中。随后他实现承诺，让自己的情人——克利奥帕特纳重登法老之位。
克利奥帕特拉很快就偿还了凯撒向埃及索要的那笔巨款，使凯撒得以很好的安抚那批归降的庞培士兵。
在前世历史上，凯撒还继续在埃及待了近三个月，一大半的时间是他和克利奥帕特拉乘坐豪华游船游览尼罗河，四百搜战船和所有陆续到达的部队紧随其后，向埃及民众展示克里奥帕特拉的统治者地位，以及支持她的罗马的强大力量。
此外，青春年少、睿智机敏、且富有异国情调的克里奥帕特拉对逐渐老迈的凯撒有着特殊的诱惑力，为了自己的雄心、长年在战场和政坛上奔波的凯撒难得的休闲下来，享受了一段迟来的、令他难以忘怀的爱情。
当然，前世的凯撒能够有这段空闲，那是因为内战的大局已定，他已经成为罗马、甚至整个地中海的掌控者。
