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刘裕也没让孙无终、刘牢之失望。他与孙恩交战，几无败绩。
他在刘牢之手下，由参军做起，通过讨伐孙恩，屡战屡胜、屡胜屡升，一路高歌猛进。每次交战，他的战果都是斩杀、俘虏敌军数以万计。
很快，刘裕升到建武将军、下邳太守。
孙恩起事，也给盘踞长江中上游的荆州刺史桓玄，找到了率军东下的借口。
荆州是桓玄之父桓温经营了几十年的老巢。桓玄担任荆州刺史，犹如虎归深山、龙入大海。没用多久，他就富可敌国，操练出十几万水、陆强军。
桓玄多次请求沿江而下，进驻京口，参加镇压孙恩暴动。
他是什么意图，朝堂上下清清楚楚。
司马元显觉得自己的地位受到严重威胁。于是准备向西讨伐桓玄。
桓玄得到消息，不但不惧，反而主动出击，率军向南进攻司马元显。
司马元显派刘牢之率北府军前去抵御。
两军在溧阳驻军对峙。
刘裕请求出战，刘牢之不允。
刘牢之对司马元显的德行十分清楚，也相当忌惮。
他觉得，自己此时击败桓玄，那自己必定成为司马元显的下个目标。
于是，他派儿子刘敬宣去向桓玄求和。
刘裕和刘牢之外甥何无忌，坚决反对刘牢之的做法。但没效果。
桓玄最后攻入建邺，斩杀司马元显，流放司马道子。
不久，他又找机会杀死司马道子。斩草除根。
刘牢之也是一代名将。但他先叛老板王恭、投靠司马元显，导致王恭被杀；现在又叛司马元显、投靠桓玄，导致司马元显被杀。
桓玄控制了朝廷后，认为此人名声已毁，不适合担任北府军统领。于是打算撤销刘牢之兵权。
刘牢之再次露出反复无常的本性，鼓动手下将领一起反叛桓玄。
包括刘裕在内的一众北府军将领，无人再愿追随他。
刘牢之便弃官逃跑了。逃出去后，他却发现天下之大，无人愿意收留他。于是上吊自杀。
刘牢之打算背叛司马元显、投靠桓玄时，刘裕坚决反对。
后来刘牢之又鼓动大家反叛桓玄时，刘裕也是坚决反对。
桓玄欣赏刘裕的铁血军人性格和非凡作战能力，想拉拢收买刘裕为己所用。于是任命他为中军参军。
五斗米教教主孙恩得知晋国朝廷里，桓玄与司马元显打起来了，于是趁机又率军来攻打吴地。
但这次孙恩的运气极差。他的队伍一上岸就遭遇刘裕等几路大军围堵，最后在临海郡被太守辛昺击败。队伍只剩不到万人。
孙恩被围堵，不愿被俘，投海自尽。
他的妹夫、副教主卢循收拾残军，乘船逃走。
桓玄控制朝廷大权后，改年号为大亨。
他任命亲兄桓伟为荆州刺史，从兄桓修为徐、兖二州刺史，从兄桓石生为江州刺史，从兄桓谦为尚书左仆射，发小卞范之为丹阳太守…
桓玄封自己为太尉、平西将军、都督中外诸军事…
桓玄牢牢掌控朝廷大权后，罢黜奸佞、擢用贤臣。晋国出现短暂欣欣向荣气象。
但刘裕、何无忌等人看得清楚，深知桓玄目的是篡夺皇位。心中十分警惕。
