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尽管第二次冲击给人类带来了沉重的打击，使人口在短时间内锐减一半，但人类并没有被这一灾难击倒。
经过不懈努力，他们成功地将亚当还原成了胚胎状态。
不仅如此，人类还成功地控制住了亚当的灵魂，并将其安放在一个名为褚熏的人类少年体内。这个少年成为了亚当灵魂的宿主，也因此与亚当产生了紧密的联系。
在发现亚当之后，人类继续深入探索，最终在霓虹地下的巨大空洞里找到了装着莉莉丝的黑之月内核。
这个发现对于人类来说意义重大，因为莉莉丝同样是生命之树的一部分，其存在对于理解生命的起源和进化具有重要价值。
依托这个发现莉莉丝的巨大地下空洞，人类决定在此建立起 人类进化研究所，也就是后来的NERV组织 总部，并以其为中心建造了一座名为第三新东井市的要塞城市。
这座城市不仅是人类对抗使徒的重要据点，也是人类文明的新希望。
为了应对可能苏醒的使徒，人类参考亚当的身体构造，以亚当和莉莉丝的血肉为材料，制造出了巨大的机器人战士。
其中，使用莉莉丝血肉制造出来的机器人被命名为初号机，而使用亚当血肉制造出来的两台机器人则分别被称为零号机和二号机。
这些机器人被统称为新世纪福音战士，简称 EVA。它们是人类对抗使徒的最后防线，也是人类科技与智慧的结晶。
EVA 被制造出来后，碇真嗣的母亲碇唯作为初号机的驾驶员参加了启动实验。
然而，实验过程中发生了意想不到的事故，导致碇唯的灵魂被困在了初号机的体内。
这一悲剧性的事件对碇真嗣的父亲碇源堂产生了巨大的影响。
自从碇唯的灵魂留在初号机内后，碇源堂的性格发生了根本性的转变。他变得冷酷、孤僻，对周围的人和事都漠不关心。
碇源堂内心深处一直渴望着能够再次见到自己的妻子，这种渴望逐渐演变成了一种执念。
为了实现这个目标，他申请将自己所在的人类进化研究所改组成NERV组织，同时向 SEELE 提出了由他来执行一个大胆而疯狂的计划——人类补完计划。
人类补完计划的核心思想是让所有人类摆脱肉体的束缚，以灵魂的形态回归到莉莉丝之卵中。
这样一来，人类将融为一体，彼此的心灵也将相互补充和完善。
然而，这个计划在大多数人眼中简直就是一场自杀式的行动。
因此，只有 Seele 和 NERV 的极少数高层知道这个计划的存在，甚至连各国政府都被蒙在鼓里。
与此同时，在死海文书所预言的特定时间里，那些被封印的使徒们开始一个接一个地从沉睡中苏醒过来。
它们如同一股强大的黑暗力量，朝着第三新东井市汹涌而来，给人类带来了前所未有的巨大威胁。
因为第一始族的设定，使徒们会本能的想要毁灭莉莉丝。
在回忆完 EVA 世界的信息后，洛亚开始对这个世界中一些独特的元素产生了浓厚的兴趣。
其中，最让他感兴趣的便是朗基努斯之枪、AT 立场和 S2 机关。
首先，朗基努斯之枪引起了洛亚的特别关注。这把枪实际上是生命之树干枯的根须，它蕴含着完整的第一始族的力量，具有强大的杀伤力。
它不仅能够轻易地击杀亚当及其繁衍出来的使徒，更是一种象征着绝望的存在。
然而，令人惊奇的是，朗基努斯之枪在充满希望的人手中，竟然可以变换成希望之枪卡西乌斯。
这意味着朗基努斯之枪能够根据持有人的心意自由切换形态，展现出不同的力量和特性。
洛亚一直以来都对自己使用噬渊剑和鳞冥戟这两把武器感到有些不便。他一直在思考如何将这两件武器熔炼成一把更强大、更方便使用的武器。
