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苏轼当时脑子里的第一个念想是逃，但一逃就是畏罪潜逃，以后想翻身就难了。更重要的是还会连累家人。
逃既然走不通，那只有面对了。苏轼将公务交给了通判祖无颇处理，并作了工作交接。
回到家后，第一时间和妻子王闰之焚烧了不少信件和诗文，避免被御史台抄家时当作物证。
8月18日，苏轼正式被关进御史台大牢。
20日被正式侦询。
在御史台的大牢里，苏轼遭受了严刑逼供，要求做两件事情：一是供述自己的同党；二是供述自己的罪行。
苏轼还想辩解，但一个柔弱的知识分子，哪能抵得住大狱里面的刑具啊？
在苏轼牢房边上的狱友苏颂（天文学家，发明了水运仪象台），出狱之后，用两句诗描述了当时苏轼遭受刑罚的场景：
“遥怜北户吴兴守，诟辱通宵不忍闻”。
通宵达旦的审讯让苏轼疲惫不堪，意志消沉。虽然开始想抵抗，坚称自己没有讥讽朝廷的文字和同党。但24日身体开始有点吃不消了，只能推脱说时间久远记不清楚了。30日，开始招供所谓的“同党友人”（朋九万《东坡乌台诗案·中使皇甫遵到湖州勾至御史台》：“当月二十日，轼供状时，除《山村》诗外，其余文字，并无干涉时事。二十二日，又虚称更无往复诗等文字。二十四日，又虚称别无讥讽嘲咏诗赋等应系干涉文字。二十四日，又虚称即别不曾与文字往还。三十日，却供通自来与人有诗赋往还人数姓名”）。
苏轼来自四川眉山，当时朝中眉山乃至四川都是少数派，苏轼苏辙也没有组织形成“眉山帮”或者“四川帮”，并不像韩琦他们的河南籍官员众多，可以互相勾连帮衬，所以苏轼知道出了事情也估计没有人会替他求情，只能希望弟弟帮忙救救他（苏辙《为兄轼下狱上书》：“况立朝最孤，左右亲近，必无为言者。惟兄弟之亲，试求哀于陛下而已”）。
刑讯逼供的日子实在熬不下去了。
十天之后苏轼就全部招供。当然，这个供词都是按照御史台的要求供述的。
从苏轼的供状来看，自入仕以来，先后向朝廷举荐苏轼的有陕西转运副使陆铣、提点两浙刑狱晁端彦、权两浙提刑潘良器、京东安抚使向京、权京东转运副使王居卿、转运判官李察、安抚使陈荐、苏澥、提举李清臣、提刑孔宗瀚9人。
军判章*、安抚使叶廉、提举李孝孙、安抚使贾昌衡、4人也上奏推荐过苏轼（朋九万《东坡乌台诗案·供状》：“军判章*，奏乞召置侍从；安抚使叶廉，奏乞显用；提举李孝孙，乞召还侍从；安抚使贾昌衡，奏乞召还近侍”）。
为什么要苏轼招供举荐过他的人？
这是御史台侦询程序中的惯例，目的是要了解清楚被侦询人的人际关系和背景，也为接下来的查验核实工作作铺垫。
相关的举荐材料归档部门和组织部门应该是有备份存档的，届时和侦询人的供词一对照，也可以查验被侦询人是否撒谎。
苏轼的供状中重点供述了与王诜、李清臣、章传、刘述等人往来交集的事情，牵涉的人有三十九人。
在三个多月里，御史台先后搜集了苏轼的一百多首涉及讽刺朝政的诗文，将疑似部分进行摘录，固定“证据”。
对涉及的官员分别传唤核实。
11月28日，御史台的审讯工作基本结束。苏轼暂时关押在御史台，等候大理寺的判决。
等待的日子是最煎熬的，苏轼甚至感知到自己可能会被判处死刑，开始与弟弟诀别，从与弟弟的诀别诗中可以看出他当时的苦闷与绝望。
《狱中寄子由》：
“圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。
百年未满先偿债，十口无归更累人。
是处青山可埋骨，他年夜雨独伤神。
