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众大臣哭临完毕，方从哲宣读泰昌皇帝遗诏。
“殿下至孝，贤明有闻，今建虏肆虐辽东，国朝局势动荡，为大明社稷，遵大行皇帝遗诏，请殿下即皇帝位，以正国本！”
众大臣劝进向朱由校叩首，山呼万岁。朱由校名分实至名归，只等登基大典，登上皇帝宝座。
在方从哲、刘一燝、韩爌的主持下，泰昌皇帝被移送到仁智殿停灵，朱由校带着朱由检、朱徽妍、朱徽婧、朱徽媞以及大臣们和宫里的娘娘们穿上丧服开始哭奠。泰昌皇帝的大丧顺利进行。
朱由校命令魏进忠指挥东厂全部人马集合，集合后移交给特勤师看押。东厂全部换血，由特勤二师调派一个团1200人加入东厂，执行东厂的任务。
东厂换血后，魏进忠指挥东厂控制郑贵妃、西李、王安、黄钧庭、卢受、邹义等人三族，查封其三族家产。
派出精干队伍前往洛阳将福王朱常洵全家控制在福王府，查封福王府家产。
软禁瑞王朱常浩、惠王朱常润、桂端王朱常瀛。三位王爷距离皇城如此之近，不得不防。
朱由校对诛三族做了特别解释，三族包括犯人的配偶及子女，犯人的父母亲，犯人的兄弟姐妹及配偶和子女。
诛三族确实有点狠，一家人全部杀完。作为21世纪的现代人实在有点不忍心。但面对杀父亲的凶手，以及诡异的朝政，不严刑不足以震慑宵小，也向外界传递一个信号，不要触碰皇帝的底线。
朱由校命令刘若愚在特勤师的配合下，全面彻底的整肃宫闱、整肃皇城太监宫女。
随着朱由校的命令下达，各方面工作均快速的执行。
李若琏带领特勤二师一个旅接管锦衣卫，锦衣卫开始按照计划集中整肃。特勤二师一个旅押送四卫营进入东安门营房。
勇士营指挥使阳武侯薛濂、怀宁侯孙承荫接到命令后，倒是非常识时务，很快集合队伍移驻东安门营房。
四卫营约1900人、勇士营约2900人全部集中开始整肃。
特勤5个师的兵力全面护卫京城、皇城，锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营均已经接管，朱由校心里彻底踏实下来。
整肃内廷、锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营属于皇帝的内部事务，朝臣干涉的力度很小。但京师三大营的整肃，牵涉大量勋贵和朝廷重臣的利益，必定阻力重重，将在京城引起轩然大波。
京师三大营又称三大营、京师三营和御前三营。
洪武初年，太祖朱元璋平定天下后设立京营，编制48卫，隶属于元帅府。不久又进行改编，称为五军营，改隶五军都督府。
五军营即中军、左掖、右掖、左哨、右哨，总兵力约21万人。
成祖朱棣继位后对京营加以扩充，将原来的48卫增至72卫。此后又渐次设立了五军营、三千营、神机营三大营，三大营统称为京军或京营。
成祖朱棣迁都北京后，分设京师三大营和南京三大营。
京师三大营和南京三大营都是大明王朝的主力军。当皇帝亲征时，三大营环守于皇帝大营，一般是神机营居外，骑兵居中，步兵居内。
永乐时期，除了在京师的常备守卫军外，每年从中都、山东、河南等地抽调16万人，轮番进入到京师换防操练，时刻保持着充沛的战斗力，称为班军。
京营的总人数达到七十多万，永乐、宣德时分别六次北征蒙古，以及永乐时征安南、正统征麓川等，都是以京营兵为主力。
