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杨鹤本可进入内阁，但因为其子杨嗣昌担任军队高官，杨鹤也临近退休，为子让路，调往北京大学任顾问。
徐光启年满60岁退休让贤，被聘请为北京大学的顾问，带领李之藻、李天经、邓玉函、龙华民、汤若望、罗雅谷等人，在山东威海天尽头建立天文观测站，潜心研究天文历法。
历史上，徐光启等人编撰的《崇祯历书》，引进了圆形地球的概念，介绍了经度和纬度的概念。
根据第谷星表和中国传统星表，提供了第一个全天性星图，成为后代星表的基础。在计算方法上，引进了球面和平面三角学的准确公式，并首先作了视差、蒙气差和时差的订正。
崇祯7年，《崇祯历书》编撰完成后，因为战乱并没有得到颁行。
1645年，汤若望将《崇祯历书》进行了删改、压缩，更名为《西洋新法历书》，进呈多尔衮。满清将其定名为《时宪历》，颁行天下。
《时宪历》从此成为每年编制历书和各种天文推步的依据，直至现在也是中国编制农历的基础。
汤若望被任命为钦天监监正，成为中国历史上的第一个洋监正，开创了满清任用耶稣会传教士掌管钦天监的将近二百年之久的传统。
朱由校安排徐光启、李之藻等人运用经度和纬度绘制全新的世界地图，制作地球仪，将天尽头定位为零度子午线。
以后就没有格林尼治子午线的名称了。
朱燮元、陈于廷临近60岁，主动退休，被聘请为北京大学的顾问。
其它各省地方官员暂不调整，仍然由原岗位人员担任。
政务院的官员选举任免制度开始进行宣传筹备，根据实际情况调整改进后，逢中元历法5和10年份全面实施选举任免制度。
新锦衣卫完成历史使命。
东厂的职责由特勤处接管，锦衣卫和东厂撤销编制。
魏进忠被免去东厂提督职务，带着他的阉党心腹编制为特务第10队，调往东北军区，执行秘密任务。
张采、张溥领导特务第9队经过两年的努力，已经在世界各国、各地区建立起办事处，世界各国、各地区的政治军事经济情报尽在大明掌握之中。
在欧洲各办事处值守的太监仅有三成安全回到大明，依然跟随魏进忠。这些太监被朱由校树立为典型嘉奖重赏，让张采、张溥等人看到了前途。
大明最高权力机构为国务院，政务院接受国务院的监督和指导。
国务院设置国防部、国安部、国资部、银监部、督察部、科技部六大部门。
政务院国防部、国安部由国务院国防部、国安部接管，政务院国防部、国安部的编制裁撤。
科学院隶属科技部。国务院设置科技部，可见朱由校对科学技术的重视程度。
科技部负责各种科学技术研究、专利技术评定，保护知识产权，调动科研人才的积极性，全面提升大明的科学技术水平。
督察部负责国务院、政务院的官员监督监察，由原督察院整编而成。
银监部负责大明金融市场管控，直接管理中华银行以及货币、银票铸造印刷。
国资部负责国有大型企业的运营管理。
朱由校旗下的所有中华系列企业交由国务院国资部进行改组改制，国务院国资部直接对其进行运营管理，全面实行企业化、市场化运营。
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