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蒋介石退守台湾后，一直视澎湖列岛为台湾本岛第一道防御屏障，在澎湖本岛设有一线阵地和二线阵地。
明初时澎湖列岛设置有澎湖巡检司，但在1387年被裁撤。
1563年，俞大猷率明军在台湾击败海贼，留下辅助军队驻于澎湖，朝廷复设澎湖巡检司。
万历初年，福建海贼从澎湖逃亡台湾魍港，明军追击入台，这是继俞大猷之后明军第二次入台作战。
1601年，沈有容率明军水师在台湾歼灭了入侵的倭寇，这是明军第三次入台作战。
随沈有容入台作战的儒生陈第，根据自己的亲身经历和实地采访记录写成《东番记》。
记录了当时台湾的地形、港口、贸易与风俗，是台湾早期历史特别是高山族文化习俗史的重要文献之一。
《东番记》特别提到明朝地方将吏曾有过在台湾设立府县等行政机构的计划。
此前两次作战对象都是海贼，而这次入台剿灭的是外国入侵者，此战具有特殊的意义。
尽管明军尚未能在台湾岛上长期固定驻防，但当时台湾已正式列入明朝军事防卫的范围内，成为中国海防的战略要地。
台湾的名称在历朝历代屡有变更。
明朝洪武年间称小琉球。
明朝中期以后官方称为东番，民间称北港、大员等。满清时设置福建省台湾府，台湾正式定名。
台湾是中国不可分割的一部分。海峡两岸同胞同根同源、同文同种。
高山族是台湾的先住民。
高山族是台湾南岛语系各族群的一个统称，与华南壮侗语人群同源。
高山族的民族来源是多源性的，但主要来自大陆东南沿海古越人的一支。
自汉族移居台湾后，原住民族分化为两部分：一部分定居平原，与汉族融合，称为平埔人。
另一部分仍定居于山区，受汉族影响较少，至今保留着原住民族语言、风俗、习惯等特点。
现高山族一般指这一部分少数民族。明代以前并没有高山族这个名称。高山族这个名称是1945年抗日战争胜利后，中国大陆对台湾民族的总称。
高山族长期处于原始社会发展阶段。
至明末前，台湾与大陆的联系日益增多。
高山族的农业、畜牧业和狩猎，虽较以前有了进一步的发展，且有部分特产与大陆沿海居民进行贸易，但各部落之间依然“老死不与他夷相往来”，仍过着原始的生活。
三国孙吴政权和隋朝时期曾先后派万余人移民台湾。17世纪以后，大量福建南部和广东东部居民移垦台湾，最终形成以汉族为主体的社会。
由于大量汉族人民迁居台湾，以及郑成功政权采取有利于发展高山族经济文化的措施，因此加速了高山族社会经济发展。
