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弗拉达利用他们实验室研发出来的全息影像投影器投影出半份竹简的影像给大吾看，问大吾有没有看过竹简上的内容。
惊讶的大吾赶忙拿出自己的那半份竹简，并且发现这两份竹简竟然可以拼在一起。
竹简上面是关于传说的巨石的情报，传说的巨石在很久以前好像是一位古人所拥有的。
两人互相交换情报之后得到一句很关键的话。
“要找到前往巨石的路，就得先找到门，开启那扇门的钥匙，是两块石头的光芒，找齐两块石头后，就会出现新的道路。”
大吾立刻反应过来，两块石头指的就是两块进化钥石。
那扇门，大吾早已在这个遗迹里找到，只是苦于不知如何打开。
大吾与艾岚分别将自己的进化钥石放在门前的两根柱子上，一道彩色的天梯顿时出现在众人面前。
顺着天梯，几人来到了一座遗迹里，
艾岚和大吾在弗拉达利的引导下，将自己的进化钥石分别摆在遗迹里的两座祭坛上，成功召唤出了传说的巨石，
这是一块彩色的古老的并蕴含着庞大原始能量的巨大石头，
被视为可能是超级进化的根源。
自古代便存在着传说的巨石，并流传着其相关记载的木简。
成功找到了目标，弗拉达利立刻联系了手下的科研人员过来。
早已在附近待命的闪焰队科学家们不到几分钟便乘飞机赶到遗迹里。
经过他们的研究，这块巨石能发出光的能量，其波形与超进化石一样，但其热量却远远超过了超进化石；
但他们不知道的是，一旦暴走的巨石与百刻市的日晷结合就会引发扩及整个宝可梦世界的大毁灭。
与此同时，传说宝可梦烈空坐突然降临。
愤怒的烈空座与巨石产生共鸣发生了超级进化，开始了大肆破坏。
烈空座的到来正是因为巨石现身于世所产生的强大能量波动，
也正是这股能量波动让烈空座进行了超级进化，
并使沉睡在丰缘地区的火山还有深海海底的固拉多和盖欧卡清醒，并且通过朱红色宝珠和靛蓝色宝珠完成了原始回归。
大吾与艾岚虽然派出超进化后的喷火龙和巨金怪上前阻止，但却根本不敌。
在mega烈空座的攻击下，艾岚为保护玛农而受伤。
烈空坐离去之后，传说的巨石也在烈空座的攻击下不知为何消失不见。
几天前，弗拉达利研究所的科研人员在卡那兹市附近的海面上侦测到了与传说的巨石的波长和波形非常相似的微弱信号，
虽然不能百分百确定那就是传说的巨石，但弗拉达利还是决定派艾岚去调查，并且叮嘱艾岚不要离开大吾身边，要好好利用大吾拥有的实力和知识帮他们夺得传说的巨石。
大吾也决定要帮助艾岚等人调查，毕竟这件事牵扯到了丰缘地区传说中的宝可梦，关系到丰缘地区的存亡，自己作为丰缘地区的出身的人和这里的冠军，有义务解决这件事。
于是，大吾叫了自家的飞机，将艾岚和玛农带到了位于卡那兹市的得文制股份有限公司，
