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冲突之后，他将调查所得如实呈报内阁与皇帝。
在奏疏中毫不避讳地写道：
“献地不只是弃地、通虏也不止于勾结敌军，实为私通外敌，罪当诛。”
由此，万历帝才真正看清李成梁的真面目。
可李成梁久镇辽东，皇帝也不敢轻举妄动，只下诏罢免其职，又赐赏些东西，算是给个台阶，李成梁也顺势告老还乡。
后来萨尔浒惨败，万历帝任命熊廷弼为辽东经略。
对李成梁早已厌恶至极的他，上任后第一把火便指向李家。
第一份奏疏，便是请旨罢免李如桢的总兵之职。
接着，他开始整顿军纪，清除那些临阵脱逃、贪生怕死者。
这些人中，多数出自李家门下，正是萨尔浒之战随李如柏逃跑回来的那批人。
沈阳的李家残党很快被锦衣卫抓获。
毕竟杨寰所领的锦衣卫已在辽东潜伏多时，对这批人早已了如指掌。
这场针对李家的全面抓捕持续了将近五天。
羽林军五千骑兵几乎没有停歇，一个点抓完便奔赴下一个地点。许多人还搞不清状况，便已被枷锁束缚，投入刑狱。
前后共计抓捕近百人。
其中在任将官只是少数，多半是早已退休或被罢免的人。
朱由校对他们一视同仁……当年你们如何追随李成梁作威作福，如今就一起承担后果。
这一轮清洗彻底将李家最后的根基连根拔起。
从此，辽东再无李家，只留下一段旧日回忆。
当李成梁那颗已埋入地下近十年的头颅被挂在辽阳城头时，辽东将门无不胆战心惊，人人自危，唯恐自己就是下一个被挂在那里的。
朱由校的铁腕手段令他们措手不及。目前看来震慑效果显着，但这些盘踞数十年的将门世家并未真正屈服。
他们暗中频频聚会，商议对策，只为自保。
马祥麟的大军并未撤离，反倒将抓捕之人尽数押入辽阳刑狱，城中驻军未动，显然短期内并无退兵之意。
那些地方势力虽有异心，却不敢轻举妄动。
熊廷弼亦依旨行事，将各地卫所兵马收归沈阳与辽阳两地，并安排亲信接管。他更派出标营参将李怀信，率五千军力赶赴辽阳协防，与马祥麟合兵一处。
朱由校的目的已然实现，辽东局势尽在掌控之中，朝中之力也得以深入这片土地。
